Е.Г. Бойко оставил после себя значительный список (более 170 наименований) рукописных и печатных работ по самым разнообразным направлениям промысловой ихтиологии. По своему содержанию все работы можно распределить на три группы.
К первой группе относятся работы теоретического и методического характера по проблеме закономерности динамики численности промысловых рыб. В них рассматриваются вопросы теории рыболовства или разрабатывается методика оценки запаса и прогноза уловов рыб. В соответствии с этим методом, называемым «биостатистическим», начиная с 30-х годов, подсчитывали запас и делали прогноз. Учитывая большое научное и практическое значение этих методических работ, Высшая аттестационная комиссия уже в 1937 г. присвоила Е.Г. Бойко степень кандидата биологических наук и звание профессора ихтиологии без защиты диссертации.
К значительным исследованиям Евгения Григорьевича следует отнести разработку нового оригинально метода определения возраста рыб по спилам плавников, который позволил быстрее и, главное, правильнее, чем по чешуе, определять возраст рыб.
Ко второй группе работ относятся исследования, выполняемые в порядке обслуживания текущих запросов бассейновых и центральных рыбохозяйственных организаций, когда необходимо было дать общую характеристику сырьевой базы Азовского бассейна, его отдельных районов или выполнить прогнозы их эксплуатации.
Третья группа работ связана с вопросами воспроизводства и относится к исследованиям, положенным в основу Генеральной схемы воспроизводства рыбных запасов в условиях зарегулирования стока рек, а также обоснованием отдельных рыбоводно-мелиоративных мероприятий.