В период с 1936 года по 1942 год Н.Н. Кондаков являлся сотрудником Зоологического института АН СССР. В эти годы он сделал множество рисунков для монографий серии «Фауна СССР» и для «Атласа промысловых зверей и птиц СССР».
В 1940 году Н.Н. Кондаков работал на Севастопольской биологической станции и приступил к подготовке рисунков для двухтомного издания «Промысловые рыбы СССР».
В 1942 г. Николая Николаевича приняли во Всесоюзный научно-исследовательский институт морского рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО), который тогда непосредственно курировал работу над атласом «Промысловые рыбы СССР». Во ВНИРО ученый проработал до 1974 года, пока формально вышел на пенсию как научный сотрудник, продолжая плодотворно трудиться как художник.
Во ВНИРО в первые послевоенные годы Н.Н. Кондаков готовил иллюстрации к книге Н.И. Тарасова «Море живет» и к монографии Л.А. Зенкевича «Моря СССР», завершил подготовку атласа «Промысловые рыбы СССР», который был издан только в 1949 году в Лейпциге.
Исследования Николая Николаевича по головоногим моллюскам, среди которых монографии «Головоногие моллюски Карского моря» (1937) и «Головоногие моллюски дальневосточных морей СССР» (1941), до сих пор восхищают специалистов точностью сведений и тщательностью подготовки.
За свою долгую жизнь Н.Н. Кондаков сделал свыше 150 тысяч набросков, эскизов и рисунков; проиллюстрировал более 10 тысяч научных и научно-популярных книг, брошюр, статей и заметок: энциклопедии (Большую советскую и Малую советскую, Детскую и Медицинскую); Биологический энциклопедический словарь; издания А. Брэма, Ж.-А. Фабра, многотомную «Жизнь животных»; Красные книги (СССР, России и республик СССР); атласы (морских млекопитающих, беспозвоночных Арала, Каспия, Черного, Азовского, северных и дальневосточных морей); многотомные монографии «Звери СССР», «Птицы СССР», «Млекопитающие России и сопредельных регионов» и многие, многие другие.
Именем Николая Николаевича Кондакова назван один из видов разноногих ракообразных, обитающих в прикамчатских водах Берингова моря и в Чукотском море.