C 1959 г. Ю.В. Кадильников работал заместителем начальника промразведки Управления тралового флота г. Пионерска, затем - заместителем начальника производственно-технического отдела Калининградского совнархоза, а с 1961 г. – заместителем директора БалтНИРО.
В 1963 г. по инициативе и при участии Ю.В. Кадильникова было создано специальное экспериментально-конструкторское бюро промышленного рыболовства (СЭКБ), которое ученый и возглавил и успешно руководил им в течение 10 лет, заложив основы материально-технической базы этой организации и разработав крупные программы создания новой техники промышленного рыболовства. Под руководством Юрия Викторовича коллективом СЭКБ была создана техника разноглубинного тралового лова, разработаны новые образцы электронной аппаратуры, машин и комплексно-механизированных линий для добычи и обработки рыбы, которые обеспечили открытие и освоение отечественным флотом новых продуктивных районов Мирового океана. Под его руководством и непосредственном участии был создан и испытан первый в мире двухкорпусный траулер-катамаран «Эксперимент», задуманный им как морская научная лаборатория, позволяющая не только проводить работы с орудиями лова, но и наблюдать за жизнью морских обитателей с помощью особого подводного «перископа». В имеющихся на борту аквариумах можно было проводить работы по определению выживаемости рыб, прошедших сквозь ячею, изучению поведения рыб в световом, звуковом и электрическом полях. Для наблюдения за работой орудий лова и поведением рыб по инициативе Ю.В. Кадильникова были построены буксируемые подводные аппараты-батипланы. Анализ работы батипланов дал бесценные материалы как о работе тралов и их настройке, так и о поведении рыб внутри трала и их реакции на него. Ю.В. Кадильников был одним из основных авторов уникального гидролотка НПО промрыболовства. В нем выполняются исследования новой техники, этот гидролоток по своей уникальности является вторым в мире.
Юрий Викторович успешно защитил в 1974 г. кандидатскую диссертацию «Эффективность орудий промышленного рыболовства при различных формах физического распределения объектов лова».
С 1975 по 1977 гг. успешно работал в Народной Демократической Республике Йемен в должности заместителя представителя Минрыбхоза СССР. По возвращении из командировки он работал над решением теоретических проблем автоматизации управления технологическими процессами тралового лова (АСУПТ) «Атлант».
С 1980 г. Ю.В. Кадильников работает в лаборатории интенсивности рыболовства АтлантНИРО сначала старшим научным сотрудником, затем, с 1984 г. – заведующим этой лабораторией. Он продуктивно трудился над решением теоретических проблем тралового лова. Юрием Викторовичем были выполнены оригинальные экспериментальные и теоретические работы, связанные с оценкой характеристик распределения и поведения промысловых объектов, уловистости траловых орудий лова и доступности для тралов морских организмов. Разработанная Ю.В. Кадильниковым вероятностно-статистическая теория рыболовных систем является новым значительным вкладом в рыбохозяйственную науку.
В 1990-е годы под его руководством и при непосредственном участии были выполнены два цикла исследований по мезопелагическим рыбам и быстроподвижным объектам промысла. В результате были определены параметры орудий лова, промысловых судов и бортового технологического оборудования для оптимальной работы рыболовных систем «судно-трал». К сожалению, эти идеи были претворены в жизнь зарубежными учеными, и в наше время созданы так называемые «голландские суда» с заморозкой 200-250 т рыбы в сутки и выливкой уловов рыбонасосами.
Юрий Викторович является автором 22 изобретений и более 100 печатных работ. За свою плодотворную деятельность в рыбной отрасли Ю. В. Кадильников был награжден двумя орденами «Знак почета», медалями «За доблестный труд в ознаменование 100-летия со дня рождения В.И. Ленина», «Ветеран труда», «300 лет Российскому флоту», золотой, серебряной и тремя бронзовыми медалями ВДНХ СССР, знаком «Изобретатель СССР». Ему присвоено звание «Заслуженный работник рыбного хозяйства РСФСР».