ПРОЕКТ (ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКАЯ ПРОГРАММА) «СОЗДАНИЕ ПАНЕЛИ ГЕНОМНЫХ МАРКЕРОВ ВЫСОКОЙ ПРОДУКТИВНОСТИ И БОЛЕЗНЕУСТОЙЧИВОСТИ КАК ОСНОВА ДЛЯ ГЕНОМНОЙ СЕЛЕКЦИИ И ГЕНОМНОГО РЕДАКТИРОВАНИЯ ПРИ СОЗДАНИИ НОВЫХ ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД И ЛИНИЙ СЕМГИ, ФОРЕЛИ И КРАПА»
в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий 2019-2027 годы, федерального проекта «Развитие масштабных научных и научно-технических проектов по приоритетным исследовательским направлениям» национального проекта «Наука и университеты»
Соглашение о предоставлении субсидии от «30» сентября 2021 г. № 075-15-2021-1084, Шифр «15.ИП.21.0010»
Результаты работ по первому этапу (30.09.21 – 31.12.21)
В ходе выполнения работ по первому этапу Исследовательской программы «Создание панели геномных маркеров высокой продуктивности и болезнеустойчивости как основа для геномной селекции и геномного редактирования при создании новых отечественных пород и линий семги, форели и крапа» подготовлено три аналитических обзора литературных источников по трем темам. «Аналитический обзор современного состояния мирового опыта и достижений по ключевым направлениям развития генетических технологий, в том числе технологий селекционной геномики и генетического редактирования атлантического лосося, радужной форели, карпа» (проанализированы данные 128 статей в высокорейтинговых международных журналах). «Аналитический обзор исследований по теме современного состояния геномного редактирования рыб с целью выбора направления исследования и программы развития центра» (в обзоре использовались данные 275 статей на английском языке) и «Аналитический обзор исследований в области теоретических основ влияния груза слабовредных мутаций на приспособленность» (64 литературных источника). Анализ литературы продемонстрировал высокую актуальность разработки новых подходов к формированию панели SNP-маркеров хозяйственно-полезных признаков для проведения геномной селекции и таргетов для генетического редактирования рыб.
Проведены патентные исследования в области геномного редактирования рыб, которые указывают на актуальность и целесообразность разработки новых мишеней для геномного редактирования, а также их патентоспособность.
На основании информации, полученной при работе над аналитическими обзорами, проведен выбор направления исследования и уточнены методы и подходы для проведения НИР.
От ведущих предприятий аквакультуры получены образцы тканей рыб, отличающиеся как страной происхождения, так и рыбоводными и потребительскими качествами. Всего собраны генетические образцы 15 особей товарной семги двух линий, 53 особей радужной форели восьми товарных линий и 255 особей карпа/сазана из 10 аквакультурных линий и одной природной популяции. Проведено выделение ДНК, подготовка полногеномных библиотек, проведено секвенирование и получены результаты в виде .fastq файлов для 20 особей атлантического лосося (семги), 40 особей радужной форели, и 12 особей карпа.
Созданы два объекта инфраструктуры, принципиально необходимые для успешного проведения исследовательской программы – Центр Биоинформатики для обсчета данных секвенирования и Центр «Аквариальная модельных видов рыб и холодноводной аквакультуры» для содержания рыб, на икре которых будут проводиться эксперименты по геномному редактированию и геномной селекции.