Первые годы исследований Ф.В. Крогиус посвятила изучению важнейших нерестовых водоемов Камчатки - бассейнов Курильского озера и реки Большой. Научные отчеты об этих экспедициях явились крупным вкладом в рыбохозяйственную науку. По этим материалам Фаина Владимировна подготовила и защитила диссертацию на степень кандидата биологических наук.
Позже Ф.В. Крогиус начала изучение причин, обуславливающих колебания урожайности лососей. Комплексные исследования, проведенные на стационарном наблюдательном пункте на озере Дальнем, позволили ей собрать ценный научный материал и - впервые - разработать методику оценки запасов лососей. Результаты этих работ получили широкое признание, а автору была присвоена ученая степень доктора биологических наук.
Фаина Владимировна явилась инициатором и непосредственным участником первой в нашей стране разработки аэровизуального метода оценки заполнения лососями нерестилищ и оценки их численности. Этот метод и ныне лежит в основе прогнозирования подходов лососей.
В 1971 г. Ф.В. Крогиус за научную работу «Сообщество пелагических рыб озера Дальнего», написанную в соавторстве с Е.М. Крохиным и В.В. Меншуткиным, была присуждена Государственная премия СССР. Труд этот имеет большое теоретическое, методическое и практическое значение и является первым в отечественной мировой ихтиологической практике примером постановки модельных экспериментов при изучении природного комплекса.
Фаина Владимировна была на редкость целеустремленным человеком, специалистом самого высокого класса, посвятившим практически всю свою жизнь научной деятельности. Ф.В. Крогиус была доброжелательным человеком, с высоким уровнем требований честности и порядочности. Огромный интеллектуальный и творческий потенциал всегда делал ее центром любого общества.
В 1987 г. Ф.В. Крогиус опубликовала книгу «Тихоокеанский лосось-нерка в экосистеме озера Дальнего (Камчатка)» (в соавторстве с Е.М. Крохиным и В.В. Меншуткиным). В целом, за годы работы ею опубликовано более 70 научных трудов, среди которых есть несколько монографий.
За плодотворную научную работу Фаина Владимировна Крогиус награждена двумя орденами Трудового Красного Знамени, медалями «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», «Ветеран труда», Почетной грамотой Верховного Совета РСФСР, имела несколько благодарностей от Министерства рыбной промышленности, центрального института ТИНРО и от дирекции отделения.