В летние периоды 1932–1933 гг. Е.М. Крохин, совместно с Ф.В. Крогиус, организовали и осуществили экспедиционные комплексные исследования озера Курильского, в результате которых опубликована работа «Очерк Курильского озера и биологии красной (Oncorhynchus nerka Walb), нерестующей в нем». В 1933–1934 гг. ученые совместно провели рекогносцировочное обследование р. Большой (Западная Камчатка). Результаты этого исследования напечатаны в работе «Очерк бассейна р. Большой и нерестилищ лососевых, расположенных в нем». Эти две обстоятельные работы долгое время являлись, да и сейчас являются основными источниками сведений по гидрологии камчатских водоемов и вошли во многие лимнологические сводки.
В 1937 г. Евгений Михайлович и Фаина Владимировна положили начало комплексным рыбохозяйственным исследованиям на озере Дальнем, расположенном в бассейне р. Паратунки в 25-ти км от Петропавловска-Камчатского. Здесь был организован стационарный наблюдательный пункт, превращенный в начале 1950-х годов в Паратунскую экспериментальную лабораторию, бессменным научным руководителем которой Евгений Михайлович являлся до конца своей жизни.
В 1939 г. Е.М. Крохин защитил кандидатскую диссертацию «Курильское озеро и нерестилища красной в его бассейне». В 1949 г. он защитил докторскую диссертацию, посвященную озерам бассейна р. Паратунка.
Большой положительный отклик нашла монография «Сообщество пелагических рыб озера Дальнего (опыт кибернетического моделирования)», написанная Е.М. Крохиным совместно с Ф.В. Крогиус и В.В. Меншуткиным (этот труд был отмечен Государственной премией СССР), а также последующие работы по кибернетическому моделированию озера Дальнего. В них рассмотрены гидрологические процессы в озере, продукция фитопланктона, бактериопланктона, динамики популяций зоопланктона и рыб, прослежено влияние внешних факторов — ветров и осадков.
В последней работе Е.М. Крохина, основанной на 40-летних системных наблюдениях, опубликованной совместно с Ф.В. Крогиус, — «Периодические колебания в экосистеме озера Дальнего и их связь с ритмами солнечной активности» — авторы применили для исследуемых зависимостей новую методику — построение интегральных кривых, в результате чего искомые связи проявились в очень четко. Оказалось, что ход всех процессов в озере — гидрологических, гидрохимических и биологических — имеет практически одинаковую периодичность и различается только по знаку. Это явление тем более интересно, что оно одинаково проявляется в отношении процессов, исследованных самыми различными методами.
Евгений Михайлович значительную часть своей жизни посвятил исследованиям камчатских озер, многие из которых во времена его экспедиций считались почти недоступными. В середине 50-60-х годов, совместно с И.И. Куренковым, он провел лимнологическое обследование красничных озер — Кроноцкого, Карымского, Илир-Гытхын и Потат-Гытхын, представив результаты в работах, которые до настоящего времени считаются классическими.
Являясь специалистом высочайшей квалификации, Евгений Михайлович Крохин опубликовано около 70-ти научных работ, среди которых есть несколько монографий. Он был награжден правительственными орденами и медалями.