C 1949 г. Иван Иванович возглавлял ПИНРО (г. Мурманск), но в 1959 г. снова вернулся на Камчатку, где работал директором Камчатского отделения ТИНРО. С 1964 г. перешел на должность заместителя директора по научной работе. Последние годы жизни работал в должности старшего научного сотрудника.
Человек редкого обаяния, высоких душевных качеств, И.И. Лагунов умел привлечь способных и талантливых людей и направить их деятельность на решение наиболее актуальных задач, проявляя постоянную заботу о создании оптимальных условий для их творчества. Энциклопедичность знаний Ивана Ивановича, его такт, простота влекли к нему маститых ученых и начинающих исследователей. Удивительно точно сочетая в общении с молодыми глубокую мудрость, мягкость и доброжелательность, И.И. Лагунов, при необходимости, мог проявить достаточную твердость и принципиальность в отстаивании позиций института перед руководящими организациями и при решении конфликтных ситуаций внутри коллектива. Можно смело утверждать, что при И.И. Лагунове в институте сохранялся удивительно благоприятный климат, который стимулировал оптимальную творческую отдачу сотрудников. Для большинства людей, знавших его, он воплощал образ настоящего руководителя, еще не претерпевшего многочисленных метаморфоз, и воплощавшего ум, честь и совесть нашего общества.
Благодаря огромному жизненному опыту, широте экологического мышления, И.И. Лагунов умел видеть суть вещей. Он понимал, что основа рыбохозяйственного благополучия Камчатки заключается в ее уникальной природе. По его инициативе и при непосредственном участии был создан крупнейший в стране Кроноцкий заповедник, заложена основа для организации Южно-Камчатского заповедника, разработана схема природопользования, предусматривающая приоритет лососевого хозяйства в перспективном плане развития производительных сил Камчатской области. Ему принадлежит идея и обоснование организации на территории полуострова сети национальных парков.