- Колончин Кирилл Викторович - директор
- Аверкиев Антон Викторович - директор департамента информации и печати
- Алексанян Гоар Левоновна - директор департамента аппарата
- Артемов Роман Викторович - директор департамента прикладных исследований комбикормов и научного сопровождения производств
- Антонов Николай Парамонович - директор департамента морских и пресноводных рыб России
- Багимов Павел Михайлович - заместитель директора
- Байталюк Алексей Анатольевич - заместитель директора – руководитель Тихоокеанского филиала
- Бандурин Константин Викторович - заместитель директора – руководитель Атлантического филиала
- Булатов Олег Аркадьевич - директор по научной работе
- Бурлаченко Ирина Виленовна - директор департамента аквакультуры
- Воротилин Алексей Владимирович - советник директора
- Геращенко Илья Владимирович - заместитель директора
- Глазков Игорь Борисович - главный специалист пресс-службы
- Глубоковский Михаил Константинович - научный руководитель
- Даринов Евгений Николаевич - заместитель директора – руководитель Тюменского филиала
- Дударев Алексей Валерьевич - директор правового департамента
- Дудина Оксана Юрьевна - начальник отдела аспирантуры и докторантуры
- Дымов Денис Евгеньевич - начальник административной службы
- Жуков Дмитрий Викторович - начальник Управления экономики
- Камшуков Сергей Викторович - заместитель директора по научной работе - директор департамента регулирования рыболовства
- Кивва Кирилл Константинович - директор департамента водных биоресурсов и среды их обитания
- Клыков Денис Александрович - директор департамента флота
- Коротков Вячеслав Александрович - директор департамента экономики и имущественных отношений
- Колмаков Алексей Николаевич - директор центра экономических исследований рыбного хозяйства
- Красная Ольга Сергеевна - заместитель директора
- Мазникова Ольга Александровна - директор департамента анадромных рыб России
- Межонов Андрей Викторович - заместитель директора по научной работе
- Мирзоян Арсен Вячеславович - заместитель директора – руководитель Азово-Черноморского филиала
- Родионов Сергей Вячеславович - советник директора
- Сафонов Артем Васильевич - директор департамента закупок
- Синицын Дмитрий Алексеевич - заместитель директора
- Баринова Виктория Владимировна - начальник отдела технологий и регулирования аквакультуры
- Серомаха Екатерина Николаевна - заместитель директора департамента печати и информации
- Сытова Марина Владимировна - учёный секретарь
- Татарников Вячеслав Александрович - директор департамента промышленного рыболовства и инструментальных методов исследований
- Тончу Виталий Валериевич - начальник финансово-экономической службы – финансовый директор
- Усолов Евгений Викторович - советник директора
- Фомина Светлана Юрьевна - директор центра аккредитации
- Цуканова Людмила Витальевна - директор департамента планирования и отчетности исполнения работ государственного задания
- Чернова Мария Алексеевна - директор департамента финансов - главный бухгалтер
- Щуров Юрий Николаевич - директор департамента коммерческой деятельности
- Абрамов Александр Леонидович - руководитель Новосибирского филиала
- Андриашевич Максим Николаевич - руководитель Нижегородского филиала
- Богачёв Анатолий Николаевич - руководитель Саратовского филиала
- Васильева Елена Сергеевна - руководитель Новгородского филиала
- Горохов Максим Николаевич - руководитель Волжско-Каспийского филиала
- Господарёв Николай Викторович - первый заместитель руководителя Азово-Черноморского филиала
- Думнич Неля Васильевна - руководитель Вологодского филиала
- Ершов Кирилл Евгеньевич - руководитель Уральского филиала
- Карпова Лена Николаевна - руководитель Якутского филиала
- Кожурин Ефим Алексеевич - руководитель Волгоградского филиала
- Колпаков Николай Викторович - руководитель Сахалинского филиала
- Коркин Сергей Владимирович - руководитель Карельского филиала
- Коцюк Денис Владимирович - руководитель Хабаровского филиала
- Маркозьян Артём Игоревич - заместитель руководителя Тюменского филиала
- Михалап Сергей Геннадьевич - врио руководителя Псковского филиала
- Мельник Марина Михайловна - руководитель Санкт-Петербургского филиала
- Мельникова Алла Геннадьевна - руководитель Пермского филиала
- Метелёв Евгений Александрович - руководитель Магаданского филиала
- Мухин Вячеслав Анатольевич - руководитель Полярного филиала
- Мышкин Алексей Владимирович - руководитель филиала по пресноводному рыбному хозяйству
- Кушнарев Сергей Викторович - врио руководителя Байкальского филиала
- Сафиуллин Рашит Ракипович - руководитель Татарского филиала
- Свиридов Лев Николаевич - врио руководителя Базы исследовательского флота
- Семушин Андрей Владимирович - руководитель Северного филиала
- Шпигальская Нина Юрьевна - руководитель Камчатского филиала
- Щербаков Владимир Иванович - руководитель Алтайского филиала
- Лобанов Александр Анатольевич - директор департамента кадровой политики
- Мюге Николай Сергеевич - начальник отдела молекулярной генетики