Российско – Японское рыбохозяйственное сотрудничество осуществляется на основе 7 соглашений, 4 из которых имеют практическое значение:
1. Соглашение между Правительством СССР и Правительством Японии о взаимных отношениях в области рыболовства у побережий обеих стран от 7 декабря 1984 года.
Оно регламентирует порядок и условия добычи ВБР в зонах друг друга. Основными объектами промысла являются следующие виды: минтай, треска, сайра, кальмар, иваси, скумбрия, скаты, лемонема и др. На ежегодных сессиях комиссии по рыболовству (РЯКР), которые проходят в конце года, стороны подводят итоги очередного промыслового сезона, обсуждают состояние облавливаемых объектов, определяют квоты и сроки промысла на следующий год на платной и взаимной основе. А также обсуждают итоги выполнения плана НТС и готовят проект на очередной год. Перед сессий комиссии проходит традиционное совещание ученых, на котором стороны обмениваются мнениями по всем объектам промысла и составляют совместный доклад по оценке состояния их запасов. Кроме этого, в межсессионный период принято собирать специалистов обеих сторон на совещании по вопросам контроля и соблюдения законодательства стран в 200 – х мильных зонах РФ и Японии. Достижение договоренности оформляется в виде протокола, подписываемого представителями правительств.
2. Соглашение между правительством СССР и правительством Японии о сотрудничестве в области рыбного хозяйства от 12 мая 1985 года.
Особенностью данного соглашения является то, что на ежегодных сессиях по рыбному хозяйству (РЯСК) стороны договариваются об объемах вылова на платной основе в 200 мильной зоне Японии лососей российского происхождения. Японская сторона оказывает безвозмездное техническое содействие в виде согласованных денежных средств для приобретения машин, оборудования и других материально - технических средств по контрактам, заключенным по линии ФГБУ «Главрыбвод». Кроме этого, соглашением предусмотрено ежегодное сотрудничество в различных областях рыбного хозяйства по принятой на сессии программе, а также взаимодействие в рыболовных международных организациях, членами которых являются обе стороны. Достигнутые на сессии договоренности оформляются в виде межправительственного протокола.
Российско – Японские межправительственные консультации по вопросам промысла лососей российского происхождения японскими рыболовными судами в 200 - мильной зоне РФ проводится на основании договоренностей, зафиксированных в ходе сессий РЯКР и РЯСК. Итоги данных консультаций оформляются в виде протокола, подписанного представительствами обеих стран. В нем устанавливается район и сроки промысла, а также видовой состав промысла на платной основе. Промысел носит экспериментальный характер с использованием поверхностного трала. После запрета дрифтерных сетей промысел носит экспериментальный характер с использованием поверхностного трала. Процедура подачи заявок и выдачи разрешений происходит после выхода соответствующего приказа Росрыболовства.
3. Соглашение между Министерством рыбного хозяйства СССР и Хоккаидской ассоциацией рыбопромышленников о промысле морской капусты у острова Сигнальный от 25 августа 1981 года.
В соответствии с данным соглашением японским рыбакам устанавливается объем добычи ламинарии, а также аларии и костарии в российских терводах против финансовых обязательств в виде денежных средств для приобретения машин, оборудования и других материально – технических средств. Переговоры проходят в мае, накануне промысла, и оформляются протоколом носящим ведомственный характер. После выхода соответствующего приказа происходит коллективная подача заявок и выдача разрешений.
4. Соглашение между правительством СССР и правительством Японии по введению рыбопромысловых операций от 7 июня 1975 года.
Одно из базовых соглашений, которое было ратифицировано Верховным Советом Союза СССР и парламентом Японии в связи с резким обострением политической обстановки вокруг отечественного промысла иваси и скумбрии у берегов Японии, наносящим экологический и материальный ущерб японским рыбакам с тихоокеанской стороны. Практически весь флот Объединения «Дальрыба» эффективно работал в данном районе без каких – либо ограничений. После заключения соглашения были приняты срочные меры по предотвращению нанесению ущерба японским орудиям лова и обеспечению безопасности мореплавания вдоль трехмильной границы тервод Японии. Для решения всех спорных моментов и компенсации ущерба были учреждены две комиссии в Москве и Токио, на которые затем были возложены все вопросы в области двусторонних отношений по рыболовству. Представители правительств обеих стран были прикреплены к посольствам в ранге советников. Комиссии действуют по настоящее время, хотя и в несколько усеченном виде.
5. Соглашение между Правительством РФ и Правительством Японии о некоторых вопросах сотрудничества в области промысла морских ресурсов от 21 февраля 1998 года.
По этому соглашению, заключение которого было инициировано МИД России, японские рыбаки получают разрешения добывать живые морские ресурсы в терводах России у островов Малой курильской гряды на платной основе в объемах, установленных решением соответствующей комиссии Росрыболовства. Считается, что принятие японскими рыбаками наших мер регулирования и контроля за их промыслом в этом районе является косвенным признание их юрисдикции над этими островами и, как следствие, число нарушений в терводах России было сведено к минимуму. В 2022 году по решению МИД России после введения Японией санкций действие данного соглашения было приостановлено. В связи с этим переговоры по выделению квот вылова японским рыбакам не проводились.
6. Соглашение между Правительством РФ и Правительством Японии о сохранении, рациональном использовании, управлением ресурсами в северо – западной части Тихого океана и предотвращении незаконной торговли живыми ресурсами от 8 сентября 2012 года.
Основная цель данного соглашения заключается в принятии сторонами мер в рамках национального законодательства по предотвращения вылова крабов в северо – западной части Тихого океана, осуществляемого с нарушением российского законодательства и ввоза незаконно добытого краба российского происхождения и продукции из них в порты Японии, в том числе и через третьи страны.
7. Соглашение между Правительством СССР и Правительством Японии по ведению рыбопромысловых операций от 07.06.1975
Регламентирует порядок и условия работы российского флота у побережья Японии в целях предотвращения повреждений орудий лова и определяет механизм урегулирования претензий, связанных с такими повреждениями. На основе Соглашения 1975 года созданы и действуют на постоянной основе в гг. Москве и Токио Комиссии по урегулированию претензий, связанных с рыболовством. Основная масса претензий рассматривалась Комиссиями в 1976-1978 годах. После установления Японией в 1984 году 200-мильной экономической зоны у своего побережья претензий в адрес Комиссий фактически не поступало.